Royalty thường chỉ là phần nhỏ trong dòng tiền định kỳ chảy từ franchisee về franchisor. Phí công nghệ, phần chênh lệch giá nguyên liệu, phí marketing địa phương và phí dịch vụ hỗ trợ vận hành tạo thành cấu trúc thu nhập phân tầng mà ít nhà đầu tư kiểm tra đầy đủ trước khi ký. Bốn lớp phí này quyết định ai nắm giữ quyền lực kinh tế thực trong mối quan hệ nhượng quyền.
Phí công nghệ (technology fee) đã chuyển từ chi phí ẩn sang dòng thu độc lập trong ba năm qua. Franchisor tách biệt chi phí hệ thống POS, nền tảng đặt hàng trực tuyến, phần mềm quản lý kho và ứng dụng khách hàng thành khoản phí định kỳ riêng, thường từ 1–3% doanh thu hoặc phí cố định hàng tháng. Cấu trúc này cho phép franchisor thu lợi nhuận từ nhà cung cấp công nghệ bên thứ ba trong khi chuyển toàn bộ chi phí sang franchisee. Nhà đầu tư cần yêu cầu báo cáo chi tiết về giá mua thực tế của hệ thống, chi phí bảo trì hàng năm và điều khoản nâng cấp bắt buộc. Nếu franchisor không công khai cấu trúc giá từ nhà cung cấp, khả năng cao là họ đang tạo lợi nhuận thứ cấp từ lớp công nghệ này mà không minh bạch với franchisee.
Phần chênh lệch giá nguyên liệu (ingredient markup) thường tạo dòng lợi nhuận lớn hơn royalty nhưng ít được công khai. Franchisor yêu cầu franchisee mua nguyên liệu từ nhà cung cấp được chỉ định hoặc trung tâm phân phối của hệ thống, với giá đã cộng thêm tỷ lệ phần trăm so với giá thị trường. Tỷ lệ này có thể từ 10–30% tùy từng mặt hàng, đặc biệt cao với nguyên liệu độc quyền hoặc bao bì có logo thương hiệu. Nhà đầu tư cần so sánh giá mua bắt buộc với giá thị trường cho từng danh mục nguyên liệu, tách riêng mặt hàng thương hiệu thực sự khỏi hàng hóa thông dụng. Nếu hợp đồng không cho phép franchisee mua hàng hóa cơ bản từ nguồn địa phương với giá thấp hơn, phần chênh lệch này trở thành khoản thuế ngầm ăn trực tiếp vào biên lợi nhuận gộp.
Phí marketing địa phương (local marketing fee) thường được thêm vào sau phí marketing thương hiệu quốc gia. Franchisor thu 2–4% doanh thu cho quỹ marketing chung, sau đó yêu cầu franchisee chi thêm 1–2% cho hoạt động marketing tại thành phố hoặc khu vực. Cơ cấu kép này tạo ra tổng chi phí marketing từ 3–6% doanh thu mà ít nhà đầu tư tính toán đầy đủ trong mô hình tài chính ban đầu. Nhà đầu tư cần yêu cầu báo cáo chi tiết về cách phân bổ cả hai quỹ, ai quyết định ngân sách cho từng kênh và quy trình phê duyệt chiến dịch địa phương. Nếu franchisor không cung cấp báo cáo ROI riêng cho chi tiêu marketing cấp hệ thống và cấp địa phương, khả năng cao là phí này đang được dùng để bù đắp chi phí vận hành chung của franchisor thay vì thực sự tạo ra khách hàng cho franchisee.
Phí dịch vụ hỗ trợ vận hành (operational support fee) xuất hiện dưới nhiều tên gọi: phí tư vấn, phí kiểm tra chất lượng, phí đào tạo định kỳ hoặc phí chuyên gia hỗ trợ. Franchisor tính phí này theo sự kiện (mỗi lần kiểm tra cửa hàng, mỗi khóa đào tạo bổ sung) hoặc theo định kỳ (phí cố định hàng quý). Cấu trúc này biến những hoạt động hỗ trợ vốn là trách nhiệm cơ bản của franchisor thành dòng thu bổ sung. Nhà đầu tư cần phân biệt rõ ràng giữa hỗ trợ miễn phí được ghi trong hợp đồng và dịch vụ có tính phí. Điều khoản quan trọng nhất là quy định về số lần kiểm tra bắt buộc hàng năm, chi phí mỗi lần và quyền từ chối dịch vụ hỗ trợ không cần thiết. Nếu hợp đồng không giới hạn số lần franchisor có thể tính phí cho dịch vụ hỗ trợ, franchisee sẽ đối mặt với dòng chi phí không kiểm soát được trong suốt thời hạn hợp đồng.
